«El desafío que supone» fue lo que hizo que José C. Clemente decidiera zambullirse en el universo del microbioma para tratar de comprender cómo ese conjunto de bacterias, virus, hongos y otros microorganismos que viven en nuestro organismo influye en nuestra salud. Este sevillano afincado en EEUU venía de un campo aparentemente muy lejano, la informática, pero desde el principio vio que había conexiones entre ambos mundos. Su laboratorio del Departamento de Genética y Ciencias Genómicas del Mount Sinaí de Nueva York emplea herramientas computacionales y experimentales para descubrir los secretos que todavía ocultan los microbios que viven en y con nosotros. «Hay una serie de reglas a la hora de escribir un programa informático que se parecen a las que existen en la naturaleza sobre cómo una comunidad de bacterias se ensambla y funciona de forma coordinada», explica pocas horas después de pronunciar la conferencia inaugural del congreso que la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (SEIMC) ha celebrado en Málaga.
- ¿Por qué debería importarnos más lo que les pasa a los microbios que viven en nuestro organismo? ¿Qué hace que el microbioma sea tan importante?
- El microbioma cumple una serie de funciones fundamentales que nuestro propio cuerpo no puede realizar. Por ejemplo, es capaz de sintetizar ciertas vitaminas que no conseguiríamos sin su ayuda o transforma la fibra dietética en distintos compuestos que son clave para provocar respuestas antiinflamatorias en el organismo. En los últimos 15 años se ha demostrado también que tienen una relación con la respuesta inmunológica y con algunas enfermedades, como las alergias, la enfermedad inflamatoria intestinal, las infecciosas o incluso con el cáncer y la respuesta a algunos tratamientos. Estamos todavía en las fases iniciales de intentar entender estas conexiones y cuáles son los mecanismos que las producen.
- ¿Es cierta esa frase que se dice a menudo y que asegura que, debido a su abundancia en nuestro cuerpo, las personas somos en realidad más microbios que humanos?
- Bueno, podemos decir que es cierto y no es cierto a la vez. El número de células bacterianas que tenemos en nuestro organismo es aproximadamente del mismo orden de magnitud que las células humanas. En cuanto a ese número, podemos decir que son comparables. Pero, por otro lado, también es cierto que el contenido genético que codifican esas bacterias de nuestro organismo es mayor que el que tenemos en nuestro propio genoma. Entonces, en ese sentido sí se puede decir que la carga genética del microbioma es superior a la humana.
- ¿Cree que en el futuro seremos capaces de domesticar el microbioma de nuestro cuerpo para que actúe siempre en nuestro beneficio?
- Sí lo creo. De hecho ya hay indicaciones donde se demuestra cómo se está utilizando la modulación del microbioma de forma terapéutica. Un ejemplo so las infecciones por las bacterias C. difficile que son refractarias al tratamiento con antibióticos. Ya existe una evidencia muy clara de que un trasplante de microbioma fecal es capaz de tratar la infección. Se trata de una infección muy grave que pone en riesgo la vida del paciente y este tipo de trasplantes han demostrado que funcionan. Este es un ejemplo que nos hace ser muy optimistas sobre la capacidad que tenemos de modificar el microbioma para tratar pacientes. Esta es una prueba de su efectividad, aunque todavía hay condiciones donde queda más trabajo que hacer. Por ejemplo, en la colitis ulcerosa, una forma de enfermedad inflamatoria intestinal, algunos ensayos con trasplante de microbioma han sido positivos pero otros quizás no tanto. Un desafío en estos casos es que la modificación que se produce con el trasplante de microbioma sea persistente y pueda perdurar en el organismo del receptor. A día de hoy lo que vemos en algunos pacientes con colitis ulcerosa es que inicialmente sí se observa que el microbioma del donante aparece en el intestino del receptor, pero poco a poco la composición y la estructura del microbioma se revierten en el paciente. Estamos tratando de conseguir que ese paso atrás no se produzca.
- ¿Cómo se elige a un buen donante de microbioma fecal? ¿Cuáles deben ser sus características?
- Es una buena pregunta porque la verdad es que todavía no lo tenemos del todo claro. Por cuestiones de seguridad hay una serie de condicionantes que hay que tener en cuenta, como que la persona no haya tomado antibióticos durante un cierto periodo de tiempo. También se hacen muestreos para comprobar que el microbioma del donante no tenga patógenos que puedan transmitirse al receptor ni bacterias que presenten resistencia a antibióticos, entre otras cuestiones. Aún queda mucho que aprender sobre cómo definir a buenos donantes para cada caso, porque las necesidades pueden ser diferentes en función de los trastornos. De todas formas, uno de los objetivos que persigue la investigación en este campo es que en el futuro no tengamos que trasplantar un microbioma completo, sino que podamos elegir las cepas y las bacterias específicas que pueden proporcionar los beneficios que buscamos sin necesidad de utilizar todo el conjunto. Se está trabajando en esa línea, pero a día de hoy es un desafío que todavía tenemos pendiente.
Para saber más
- ¿Corre riesgo nuestro microbioma por el tipo de vida que llevamos?
- Hay bastantes estudios que muestran que estamos perdiendo diversidad en el microbioma. Nosotros hemos publicado trabajos al respecto. Esto se debe a que, como en cualquier ecosistema, los microbios tienen que adaptarse a a las condiciones de su medio ambiente. Su entorno depende básicamente de nosotros, se ve afectado por nuestros hábitos de vida, la dieta que comemos habitualmente, los fármacos que tomamos... En ese sentido hay que destacar el papel de los antibióticos. Estos medicamentos han salvado millones de vidas y son fundamentales para la Medicina pero durante mucho tiempo no se pensó que hacer un mal uso de ellos también podría tener consecuencias negativas, como estamos viendo ahora. El consumo excesivo de antibióticos también ha contribuido a la eliminación de ciertos tipos de bacterias que deberían importarnos.
- ¿Están desapareciendo especies de bacterias y otros microorganismos que son beneficiosos para nuestra salud?
- Sí, sin duda. Le pondré un ejemplo de una bacteria que se está perdiendo en la infancia, un tipo de bifidobacteria. Las bifidobacterias son fundamentales en la época de lactancia, en los primeros meses del bebé, porque estas bacterias son capaces de transformar los oligosacáridos de la leche y utilizarlos para producir compuestos que son necesarios para el niño. En varios estudios hemos comprobado que distintas cepas de Bifidobacterium infantis se están perdiendo en poblaciones occidentales. En los análisis que hemos llevado a cabo, todavía las encontramos en bastante abundancia en África, en países del sudeste asiático o en poblaciones de menonitas, una comunidad en EEUU que mantiene un estilo de vida muy tradicional, pero en sociedades occidentales se está perdiendo. Y se está perdiendo porque el medio ambiente en el que vive esa bacteria no le permite crecer.
- ¿Debería preocuparnos la extinción de algunos microbios tanto como la del lince ibérico?
- No todas las especies microbianas que estamos perdiendo son necesariamente beneficiosas. Hemos hecho estudios en grupos de yanomami, poblaciones que mantienen un estilo de vida ancestral en el Amazonas, y hemos visto que en su microbioma hay muchas bacterias buenas pero también muchísimos parásitos que no queremos tener. Dicho esto, sin duda debería preocuparnos la extinción de algunos microbios que se está produciendo. Creemos que algunos son muy interesantes, como la citada Bifidobacterium infantis, un microorganismo que creemos que puede tener un papel muy interesante en distintos aspectos, como la prevención del desarrollo de alergias, entre otras cuestiones.
- ¿Qué medidas cree que habría que llevar a cabo ante esta desaparición de microbios que están constatando?
- Como mínimo, considero que sería fundamental poder catalogar estas bacterias que estamos perdiendo, poder aislarlas y poder caracterizarlas con el objetivo de que si hiciera falta tuviésemos la capacidad de reintroducirlas en el microbioma, como se ha hecho con el lince ibérico, que, entre otras medidas, se ha criado en cautividad para luego reintroducirlo en su medio ambiente.
- ¿No entiende todavía la sociedad la magnitud de la importancia de cuidar el microbioma de nuestro organismo?
- Creo que cada vez hay más conocimiento aunque todavía no está generalizado. En ese sentido me parece que es fundamental que nosotros como científicos seamos capaces de transmitir a la sociedad la importancia del trabajo que hacemos y las necesidades que hay.
- ¿El microbioma sigue siendo un universo desconocido? ¿Saben ya quiénes son los vecinos con los que compartimos hogar?
- Se han hecho bastantes más estudios sobre las bacterias de nuestro microbioma que sobre los virus y los hongos que se encuentran en él. Esto se debe en parte a cuestiones de desarrollo tecnológico. Podemos caracterizar de una forma más o menos sencilla a las bacterias gracias a un gen que está conservado en todas ellas. Con esa información se pueden hacer estudios y podemos al menos contar con una lista de las bacterias que están presentes en el organismo. Con los hongos no es tan fácil y los virus son especialmente complejos, porque no hay un marcador común, cada virus es distinto. De todas formas se están haciendo ahora mismo trabajos muy interesantes sobre estos microorganismos y sobre cómo también influyen en nuestra salud. Creo que en poco tiempo podremos saber más sobre este campo de estudio.
- ¿Qué hace alguien que conoce tanto el microbioma y su impacto en la salud para cuidar a sus propios microbios?
- Bueno, no sabemos tanto [ríe]. Todavía tenemos más preguntas que respuestas sobre el microbioma y su impacto. Yo personalmente intento hacer lo que creo que en realidad recomendaría cualquier médico de cabecera: una dieta equilibrada, moderar el consumo de alcohol, intentar hacer ejercicio habitualmente y no llevar una vida muy sedentaria. Los estudios que hacemos refuerzan la idea de que es importante llevar unos hábitos de vida saludables para cuidar del microbioma.